清咸豐年間，台灣開闢通商港口以後，天主教、基督教就在台灣開始傳道。
以天主教來說，咸豐九年（一八五九年）西班牙殖民地菲律賓聖多明歌教會桑神父，在打狗（現在的高雄）設立一間教堂，這就是今日高雄市前金天主堂，前金天主堂可惜毀在第二次世界大戰中，現在愛河邊的前金天主堂在光復以後重新改建。
桑神父又在清同治九年（一八七０年），為了教化屏東的平埔族，而在今日屏東縣萬巒鄉建立了一間赤山天主堂，又稱萬金天主堂，這是台灣現在最古老的教堂建築物。
赤山天主堂建築物保存的不錯，神像與法器都是當年從菲律賓馬尼拉運來的，木材與石板是從廈門採購運到屏東東港登陸，然後由信徒義務運上赤山。
前金、赤山二個教堂成立以後，各地也先後建立了天主教堂，教徒漸漸增加。基督教傳來台灣較晚，同治四年，英國長老教會先在府城（今台南）傳道，以後轉到打狗的旗後（今高雄市旗津）設立教堂。
半年後，又在府城設立新樓診所，就是現在台南市東門的新樓醫院。
當時英國長老教會，在台灣的傳教士馬雅谷，李休，甘為霖等，都是肯吃苦的人物。
因為當時老百姓對外國人的排斥心理重，所以甘為霖，馬偕都受到迫害，在今天台南縣關仔嶺溫泉有一個關仔嶺長老教會，就是當年甘為霖為了傳教殉教犧牲的地方，台北市祖師廟邊艋舺教會也是馬偕殉教的地方。
同治十一年（一八七二年）加拿大長老教會的傳道士馬偕，來北部的淡水傳道，隔年，淡水教堂完工。
清朝光緒二年（一八七六年）英國長老教會，創立了台南長老教會學校，這是台南私立長榮中學的前身。光緒八年（一八八二年），馬偕爭取到加拿大牛津信徒的捐獻在淡水，創立真理學堂大書院。
這間大書院的古老建築，現在依然保存在淡江大學的學校內。隔壁的淡水中學的學校內還有馬偕的墳墓。附近有英國公墓，因為當年不平等條約之下，外國人在台灣可以設墓地。
在台灣除了淡水有英國公墓以外，基隆市中正路還有法國公墓。
馬偕傳道士曾以他們過柱兄馬偕船長的遺產，建立一間小診所，就是今天台北-淡水二間馬偕紀念醫院的起源。
當年因為台灣排斥外國人的心理真很重，傳教士走在街上，常常被人丟石頭、潑尿，來侮辱傳道士。起初診所沒人要去看病，有一天馬偕突然發現診所有許多患者，而且每一個人都要了一瓶藥水。
馬偕感覺奇怪。
護士才對他說，原來那些人藥水一拿離開診所，就將藥水倒掉，將空瓶帶走，因為當時玻璃是很罕見的東西。
當時淡水的住民常常傳謠言，講馬偕開診所的目的只是要割取人的肝臟。
取人的血，所以內科，外科的病人都不敢去，只有牙痛的人去讓他們拔牙齒，所以馬偕在台彎一共拔三萬多顆牙齒。
光緒十年，中法戰爭爆發，一般民眾仇恨外國人的心態達到極點，各地的教堂被放火的為數難計，戰後清朝政府出錢，重建了十多間新教堂，表示賠償，現在八里分、和尚洲各地的教堂都是當時重建的，藉以緩和群眾對外國人排斥的心理。
中法戰爭，馬偕傳道士所主持的英國長老教會，被民眾誤以為是法國的，單單台北地區，被燒的教堂就有十二間，當然馬偕傳道士也受到許多驚嚇。
戰後台灣巡撫劉銘傳都有賠償重建，剛剛所說的八里分，和尚洲，以及台北祖師廟邊艋舺教會現存的房屋就是當時賠償重建的。