顏思齊在天啟五年（一六二五年）秋天去諸羅（嘉義）一帶抓野鹿，結果滿載而歸，並且在城內大擺慶功宴，但是沒多久，他竟然患了絕症而死去。繼承顏思齊變成這群移民首領的人，就是鄭成功的父親鄭芝龍，當時鄭芝龍是九座城堡中，其中一座城堡的頭目。
因為他平時很受顏思齊的看重，並且他做事很積極，與人相處也十分誠懇，所以鄭芝龍被其他八座城堡的頭目，共同推選為首領。鄭芝龍出世在福建南安。孩提的時候，他曾經在澳門受洗禮，說起來他也算是一名天主教徒。以我們中國人保守的性格來講，鄭芝龍的作風可說是一個有眼光的領袖人物。福建南安是近海的所在，對外的船隻往來，上北去日本，落南去巴達維亞【今之印度】。
鄭芝龍的性格豪爽，再加上他少年時，住過日本，娶日本老婆，所以觀念非常先進。鄭芝龍成為首領之後，他表現真開明，他對部下發出四條禁令：一、不可強暴婦女 二、不可殺害無辜的善良百姓 三、不可隨便殺人放火 四、 不可偷割稻穀，由鄭芝龍發出的禁令觀之，我們可以證明當時的台灣，已經有那種攜家帶眷的移民，並且已經有農耕作業的生活。
這樣的禁令約束著海盜不能亂來，同時也使漢人的移民有安全感，並且可以專心去建立屬於自己的家園。也因為如此，這些移民對鄭芝龍是十分的擁護與支持，所以當時鄭芝龍在台灣的聲望是很大，猶如是台灣的移民之王，受人注目，海峽對面的明朝當局，自然是不允許「鄭氏海外小王朝」漸漸壯大起來。
所以明朝政就派人去對鄭芝龍招降並授予官職、通好除掉這個心腹的大患事實上，鄭芝龍的目標只是要確立台灣海峽的制海權，不要讓日本與荷蘭人先佔去，可以得到通商貿易的好處。另外一方面，鄭芝龍又利用丈人與田川家族親戚關係與日本交陪。並且與來台灣的荷蘭人訂下通商協定，這些工作鄭芝龍確實皆做的很完滿。他已經明白的表露，他是統領台灣的領袖了。