澎湖經過一場的大屠殺、遣送、變成荒島、但是仍有不怕死的漢人移民，不管政府的禁令，偷偷又再登陸來開墾，這種堅強、不怕死的意志，就像澎湖的天人菊一般，絕對不屈服。 隨著官方漸漸放鬆，移民的春風再度吹起來了，花蕊又再度盛開。
明朝建立沒多久，時常遭受日本海賊的擾亂，海賊就是日本幕府勢力衰退的時候，在日本國內不得志的浪人武士，這些失志的武士結群成黨淪為海賊，時常在中國沿海擾亂。明朝為了要對付日本海賊，一方面積極派兵來圍剿，一方面消極的禁止人民出海，不准商人對外貿易可見日本海賊當時對明朝的威脅很大。
到西元二六二二年（天啟二年）有六台戰船，載二千名的海軍荷蘭艦隊，妄想要攻佔澳門的葡萄牙基地海，荷蘭人與葡萄牙人經過一場慘烈的海戰，荷蘭人戰敗而逃。 不甘戰敗的荷蘭人逃走來澎湖，在媽宮澳（馬公）登陸，絲毫沒有驚覺的澎湖移民，這次受災殃了。
荷蘭艦隊先是用大砲攻擊澎湖海岸，再以小船載兵上岸，停在岸邊六百台的漁船全部被扣押，一千五百名的壯丁被奴役去建造軍事要塞，殘忍的荷蘭人打算要長期佔領澎湖，他們強制移民日夜趕工建築軍事要塞，在要塞完工的之前，一千五百名的壯丁有一千三百名病死或餓死，因為荷蘭人要他們趕工每天卻只給半斤米而已。
就在荷蘭人的要塞完成之後，村落來的三百名壯丁，又再被送至巴達維亞（今之印尼）作奴隸，移民歷史上最悲慘的一頁， 荷蘭人佔領澎湖，自然引起明朝的不悅，沒多久福建巡撫統領大軍攻打澎湖的荷蘭艦，雙方交戰八個月，結果簽下停戰協定。
荷蘭從澎湖撤退 明朝對荷蘭佔領台灣不表示異議 保障荷蘭對中的貿易 沒志氣，軟弱的明朝政府，對以出賣台灣做為交易，收回原來就是勢力範圍的澎湖感覺心滿意足，荷蘭人其實有他的另外一個打算，失澎湖得台灣，好比是用老鼠屎換真珠，當然他們所獲，自是價值不匪。